Gli effetti indesiderati più comuni riportati (tra 1 e 10 pazienti su 100) sono diarrea, vomito, nausea e arrossamento. Nella seguente tabella sono riportati gli effetti indesiderati per sistemi e termini MedDRA. In ogni gruppo, gli effetti indesiderati sono riportati in ordine di gravità decrescente

Sistemi	Comuni ≥ 1/100 < 1/10	Non comuni ≥ 1/1.000 < 1/100	Rari ≥ 1/10.000 < 1/1.000	Molto rari < 1/10.000
Infezioni e infestazioni		Superinfezioni da candida
Patologie del sistema emolinfopoietico		Leucopenia, neutropenia, trombocitopenia	Anemia, anemia emolitica, porpora, epistassi, allungamento del tempo di sanguinamento, eosinofilia	Agranulocitosi, pancitopenia, prolungamento del tempo di tromboplastina parziale, positività test di Coombs diretto, allungamento del tempo di protrombina, trombocitemia
Disturbi del sistema immunitario		Reazioni di ipersensibilità	Reazioni anafilattiche/ anafilattoidi (incluso lo shock)
Disturbi del metabolismo e della nutrizione				Ipopotassiemia, ipoalbuminemia, ipoglicemia, ipoproteinemia
Patologie del sistema nervoso		Cefalea, insonnia
Patologie vascolari		Bassa pressione (ipotensione), flebite, tromboflebite	Vampate di calore
Patologie gastrointestinali	Diarrea, nausea, vomito	Ittero, costipazione, dispepsia, stomatite	Colite pseudomembranosa,dolore addominale
Patologie epatobiliari		Aumento degli enzimi epatici (AST, ALT)	Epatite, aumento della bilirubina, della fosfatasi alcalina e della gamma-glutamiltransferasi (g-GT)
Patologie della cute e del tessuto sottocutaneo	Eruzione cutanea, compreso esantema maculo papulare	Prurito, orticaria	Eritema multiforme, dermatite bollosa, esantema	Necrolisi epidermica tossica, Sindrome di Stevens-Johnson
Patologie del sistema muscoloscheletrico e del tessuto connettivo			Artralgia, mialgia
Patologie renali e urinarie		Aumento della creatininemia	Insufficienza renale, nefrite interstiziale,	Aumento dell‘urea ematica
Patologie sistemiche e condizioni relative alla sede di somministrazione		Febbre, reazioni nel sito di iniezione	Brividi

La terapia con piperacillina è stata associata ad una aumentata incidenza di febbre e rash nei pazienti con fibrosi cistica.